Les interventions du Parc sont inscrites dans un programme annuel établi par le Comité syndical et proposé chaque année aux financeurs. Ce programme est mis en oeuvre par une équipe aux compétences pluridiciplinaires : environnement, paysages, architecture, urbanisme, énergie, mobilité, tourisme, agriculture, patrimoine, pédagogie, culture, communication etc. Elle s'appuie sur une organisation par pôles et par secteur.

L’équipe technique intervient, auprès des élus, des associations, des socioprofessionnels ou encore des agriculteurs. Elles prennent différentes formes : conseils techniques, soutiens financiers, coordinations de projets, réalisations concrètes, expérimentations lui permettant d’innover. Autant d’expertise mise au service des collectivités adhérentes au Parc souvent rurales et qui ne disposent pas des compétences nécessaires. 

Le siège du Parc se situe à Munster depuis sa création en 1989. Différentes antennes ont été créées à Gérardmer (Espace Tilleul), à Giromagny (communauté de communes). Le bureau des espaces naturels à Wildenstein accueille une partie de l’équipe en charge des Réserves naturelles et de Natura 2000.

Plusieurs sites accueillent les publics gratuitement à l’Espace Nature Culture à Haut-du-Them Château Lambert, au point d’accueil estival du Grand Ballon au Col de la Schlucht et depuis l’été 2020 au Ballon d’Alsace. Ces sites d’accueil proposent gratuitement des expositions et de la documentation pour partir à la découverte du Parc, de ses richesses et de ses enjeux.